根據《辦法》，農業支持保護補貼資金由財政部會同農業部分配。其中，農業支持保護補貼用于耕地地力保護的資金，補貼對象原則上為擁有耕地承包權的種地農民。用于糧食適度規模經營的資金，補貼對象為糧食適度規模生產經營者，重點向種糧大戶、家庭農場、農民合作社和農業社會化服務組織等新型經營主體和新型服務主體傾斜。對農業信貸擔保體系建設的支持資金統籌用于資本注入等方面。
作為“以綠色生態為導向”的具體體現，《辦法》明確，對已作為畜牧養殖場使用的耕地、林地、成片糧田轉為設施農業用地、非農業征（占）用耕地等已改變用途的耕地，以及長年拋荒地、占補平衡中“補”的面積和質量達不到耕種條件的耕地等不予補貼。鼓勵采取多種措施，創新方式方法，提高農作物秸稈綜合利用水平，引導農民綜合采取秸稈還田、深松整地、減少化肥農藥用量、施用有機肥等措施，切實加強耕地質量保護，自覺提升耕地地力。
《辦法》提出，農業支持保護補貼資金具體補貼標準、補貼依據和補貼方式等由各省結合本地實際確定。用于耕地地力保護的資金，可與二輪承包耕地面積、計稅耕地面積、土地承包經營權確權登記面積或糧食種植面積等掛鉤。用于糧食適度規模經營的資金，可采取貼息、重大技術推廣與服務補助等方式支持多種形式的糧食適度規模經營。近幾年重點用于支持建立完善農業信貸擔保體系。同時，鼓勵創新適度規模經營的支持方式。對農業信貸擔保機構的資本注入規模和節奏要根據擔保業務運營情況合理確定；對新型經營主體貼息不超過利息的50%；對重大技術推廣與服務補助，應采取“先服務后補助”、提供物化補助、政府購買服務等方式；不鼓勵對新型經營主體實行現金直補。單戶補貼要設置合理的補貼規模上限。
《辦法》規定，農業支持保護補貼資金應按規定設定績效目標，開展績效運行監控。財政部會同農業部按照預算績效管理規定和資金管理需要，對各省資金使用情況開展績效評價。省級財政、農業部門對市縣級政策實施情況開展績效評價。